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한우 생산이력제에 활용 가능한 microsatellite의 분석과 선발

Analysis and Selection of Microsatellites Markers for Individual Traceability System in Hanwoo(Korean Cattle),

임현태 (Lim Hyun Tae, 농업생명과학대학 축산학전공)

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  • 주제(키워드) Hanwoo(Korean Cattle) , Microsatellite , 생산이력제
  • 주제(KDC) Microsarellite를 이용한 한우 개체 판별 및 생산이력 시스템 적용
  • 발행기관 경상대학교 대학원
  • 지도교수 전진태
  • 발행년도 2006
  • 학위수여년월 2006. 2
  • 학위명 석사
  • 소속대학원 및 학과 대학원 응용생명과학부
  • 전공 응용생명과학전공
  • 원문페이지 50 p.
  • 본문언어 한국어
초록/요약moremore
To test applicability to the Hanwoo traceability system, nineteen microsatellite markers were selected and analyzed. MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP, API_CALC and PHYLIP software was employed serially to estimate heterozygosity, polymorphic information content, F-statistics, identity probability, exclusion probability and genetic distance. Ten microsatellite markers (TGLA53, BMS1747, TGLA122, TGLA227, BL1009, BM4305, ETH3, SPS115, BM2113 and BM1824) were selected based on their high heterozygosity values. Identity probability using these markers is one hundred times higher than when using StockMakers™ of Applied Biosystems. This indicates the selected microsatellite markers are appropriate and effective for use in the Hanwoo traceability system. Additionally, estimates of DA genetic distance and pairwise-FST can be utilized to identify genetic relationships between adjacent farms.
To test applicability to the Hanwoo traceability system, nineteen microsatellite markers were selected and analyzed. MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP, API_CALC and PHYLIP software was employed serially to estimate heterozygosity, polymorphic information content, F-statistics, identity probability, exclusion probability and genetic distance. Ten microsatellite markers (TGLA53, BMS1747, TGLA122, TGLA227, BL1009, BM4305, ETH3, SPS115, BM2113 and BM1824) were selected based on their high heterozygosity values. Identity probability using these markers is one hundred times higher than when using StockMakers™ of Applied Biosystems. This indicates the selected microsatellite markers are appropriate and effective for use in the Hanwoo traceability system. Additionally, estimates of DA genetic distance and pairwise-FST can be utilized to identify genetic relationships between adjacent farms.
목차moremore
I. 서론 2
Ⅱ. 연구사 4
Ⅲ. 재료 및 방법 9
...
I. 서론 2
Ⅱ. 연구사 4
Ⅲ. 재료 및 방법 9
1. 공시동물과 DNA 추출 9
1) Buffer A 조성 9
2) Buffer B 조성 9
3) Buffer C 조성 9
2. MS marker의 선발 및 set 분류 9
1) 경상남도 17 농가 한우 462두 12
2) 경상남도 17 농가 한우 462두 분석결과로 선발한 10 MS marker12
3. Multiplex PCR 조성 및 방법 12
1) 경상남도 17 농가 한우 462두 12
2) 경상남도 17 농가 한우 462두 분석결과로 선발한 10 MS marker 12
4. MS marker 분석 15
1) 경상남도 17 농가 한우 462두 15
2) 경상남도 17 농가 한우 462두 분석결과로 선발한 10 MS marker 15
5. 자료의 통계분석체계 설정 15
1) Microsatellite Analyzer(MSA) version 3.15를 이용한 기초자료 분석 15
2) Neighbor-joining(NJ) 방법 및 PHYLIP versin 3.63을 이용한 유전적 거리 지수 분석 19
3) FSTAT version 2.9.3 과 GENEPOP version 3.4를 이용한 F-통계량 분석 19
4) Cervus version 2.0을 이용한 다형성지수 분석 20
5) API-CALC version 1.0을 이용한 동일개체 출현가능확률 분석 20
Ⅳ. 결과 및 고찰 25
1. MS marker 선발 25
2. MS marker에 대한 통계분석 25
3. 농장간 유전적 거리지수 및 NJ tree 작성 결과 31
4. 생산이력제에 적용 가능한 MS marker의 선발 35
Ⅴ. 요 약 45
Ⅵ. 참고문헌 46